Historia de StarCraft : Alas de libertad 

Cuatro años después de la Guerra de Especies, Jim Raynor y sus Rebeldes (entre ellos el idealista capitán Matt Horner y el ingenioso, si hosco, jefe de ingeniería Rory Swann) se dedicaban a luchar por la libertad. Valiéndose del Hiperión para viajar entre los distintos mundos del sector Koprulu, inspiraron el levantamiento contra el emperador Mengsk, sin embargo, éste recuperó lentamente el control del Dominio a través de propaganda y tácticas de terror.
Solo con sus pesares —su incapacidad de salvar a Sarah Kerrigan de la infestación, su papel en el ascenso al poder de Mengsk y la imposibilidad de derrocar a un dictador galáctico— Jim terminó sentado frente a una barra en compañía de su viejo amigo Tychus Findlay, un convicto que logró fugarse de prisión. Tychus le sugirió que “liberaran” artefactos alienígenas para venderlos posteriormente a compradores de la Fundación Moebius. Como Mengsk instituyó que era un crimen transportar ese tipo de artefactos, Jim aceptó. 
Después de que Tychus y Raynor descubrieron un artefacto en Mar Sara, los zerg, casi inactivos desde la Guerra de Especies, comenzaron a atacar de nuevo, dando pie a una carrera en pos de los artefactos entre el Dominio, los Rebeldes y la Reina de las Cuchillas. La presencia de Kerrigan inquietó a Raynor e intrigó a Tychus, quien mostró particular interés en la relación de Jim y Sarah.

Cuando el capitán Horner descubrió que el Dominio tenía una operación ferroviaria de suministros poco vigilada en Tarsonis, los Rebeldes desplegaron tanques flotantes Katari para flanquear los trenes y llevarse la carga, incluyendo una antigua adjutora confederada cuya IA estaba dedicada al almacenamiento de datos y comunicaciones. Dicha adjutora contenía transmisiones de la caída de Tarsonis, así como evidencia de que Mengsk usó zerg en contra de los terran. Ahora los rebeldes poseían un arma que realmente podría contrarrestar la propaganda del dictador.
Raynor también recobró un par de artefactos en los planetas Monolito y Xil, que se encontraban bajo la protección de los Tal’darim. Dicho grupo está formado por violentos extremistas protoss que carecen de vínculos con los Khalai o los Templarios Oscuros. Aunque a Raynor le interesaba cada vez más la recuperación de los artefactos, le desconcertó la reverencia que mostraban los Tal’darim al respecto; al igual que la renovada presencia zerg en el espacio terran.
Mientras se quebraba la cabeza para descubrir la relación, Jim se topó con un visitante imprevisto a bordo de su nave: Zeratul, el Prelado de los Templarios Oscuros.
Raynor y Zeratul no se habían visto las caras en años, pero su reunión distó mucho de ser agradable. El protoss le entregó a Jim un cristal ihan que contenía sus recuerdos más recientes, así como un augurio de perdición.
El cristal le permitió a Jim revivir los recuerdos de Zeratul. Todo comenzó cuando el Templario Oscuro llegó al planeta Ulaan siguiendo los rumores de una ancestral profecía Xel’naga (los alienígenas que elevaron a los protoss y a los zerg en el pasado distante), al mismo tiempo que la Reina de las Cuchillas. Hubo una confrontación, pero Zeratul escapó con una serie de fragmentos de piedra que describían la profecía a detalle y se dirigió a Zhakul para consultar a los Preservadores —archivistas e historiadores— y obtener una traducción.

En Zhakul, Zeratul se topó con uno de los híbridos, una versión madura de la abominación que vio hace años en el laboratorio de Durán. Los guerreros del Templario Oscuro evitaron al cuasi invencible híbrido y contactaron a los Preservadores, cuya interpretación de la profecía hablaba de un “Gran Insaciable”. Esto condujo a Zeratul a Aiur, donde buscó respuestas en el cadáver de la Mente Suprema.
En Aiur, los intentos del Templario Oscuro de entrar en comunión con la Mente Suprema le pusieron en contacto con un ser cuyo espíritu tenía vínculos cercanos con la criatura. Se trataba de Tassadar, su antiguo aliado, quien pereció al matar a la monstruosidad. Éste reveló una verdad terrible: la Mente Suprema presenció un futuro donde un ente denominado el Caído usaba a los zerg para aniquilar a los protoss y a los terran, así que creó a la Reina de las Cuchillas para liberar a su raza. Conmocionado, Raynor cayó en la cuenta de que Kerrigan, pese a su naturaleza monstruosa, era la única esperanza de evitar que los zerg acabaran con todos los seres vivientes del sector.
Mientras tanto, los Rebeldes trazaron un plan para desacreditar a Mengsk públicamente y se apoderaron del Odín, un titánico robot de asedio que desfilaría por la Plaza del Emperador en Korhal. Entre el caos y la destrucción, los Rebeldes lograron transmitir evidencia de la corrupción de Mengsk a todos los mundos del Dominio.
Hubo gran escándalo y horror en el Dominio y varios mundos se separaron. El reinado de Mengsk sufrió una considerable sacudida.
Cuando Jim regresó a la búsqueda de artefactos, recibió noticias de que los zerg estaban atacando Tyrador, hogar de la Fundación Moebius. Como no quería perder a sus compradores, Raynor se dirigió al planeta para evacuar al Dr. Emil Narud y recobrar la información de la Fundación. La Reina de las Cuchillas dirigió el asalto personalmente, lo que llevó a Narud a especular que a ésta le preocupaba el origen de los artefactos: los ancestrales Xel’naga.
Poco después de evacuar a la mayoría de los científicos de Moebius, Valerian Mengsk —jefe de la Fundación e hijo de Arcturus— contactó a Raynor. Valerian insistía que los artefactos Xel’naga podían ser transformados en un objeto que, al ser activado, restauraría la humanidad de la Reina de las Cuchillas. Aunque desconfiaba, Jim aceptó colaborar con Valerian, pues quería detener a los zerg y aplacar la culpa que le causó la transformación de Sarah. Ahora tenía una oportunidad.
Los Rebeldes recuperaron las últimas piezas del artefacto en el moribundo planeta Tifón y en una misteriosa nave-mundo Xel’naga tripulada por fanáticos Tal’darim antes de proceder con el plan de Valerian: el ataque a Carbonis, dirigido por el general Horacio Campoguerra, para revertir la infestación de la Reina de las Cuchillas. El éxito en tal empresa no sólo regresaría a Kerrigan a la normalidad, sino que demostraría que Valerian era el sucesor apropiado de su padre.
La batalla en Carbonis fue brutal, con bajas masivas en la flota. Sin embargo, al establecer una base en la superficie, Raynor colocó el artefacto reensamblado cerca de Kerrigan. Toda la furia del mundo-colmena descendió sobre los terran, pero el artefacto pulsó con energía y dispersó a los zerg, además de eliminar las características zerg de Kerrigan. Mientras la Reina de las Cuchillas se encontraba aturdida, Raynor se apresuró a llegar a su lado…
…y Tychus siguió las órdenes que lo sacaron de prisión en primera instancia, las órdenes de Mengsk, alzando su arma en un intento de matar a la Reina de las Cuchillas recién desinfestada. Raynor decidió dispararle a su amigo Tychus antes de que éste pudiera quitarle la vida a Sarah.
Con su humanidad en apariencia restaurada y el Enjambre sumido en caos, Raynor ayudó a Sarah, quien presentaba fatiga y amnesia, a salir de Carbonis. ¿Había concluido acaso la Segunda Gran Guerra?